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    Ribo-seq:檢測正在翻譯的mRNA信息,連接轉錄組學與蛋白質組學的橋梁

    更新時間:2024-03-05   點擊次數:85次

    技術原理

    蛋白質是生命活動的主要承擔者,翻譯調控又是細胞內重要的調控方式。翻譯是核糖體讀取mRNA模板來指導蛋白質合成的過程,是基因表達的關鍵步驟。翻譯的過程受到嚴格的調控,很多疾病與翻譯異常相關,比如神經退行性疾病、貧血癥和發育障礙等。雖然核糖體的結構與功能研究的比較透徹,但是對于翻譯過程的調控機理還需要深入研究。

    核糖體印跡測序(Ribosome profiling, Ribo-seq),能夠詳細檢測體內的翻譯狀態。Ribo-seq的技術核心是識別與核糖體結合的mRNA以及正在被翻譯的約30個核苷酸。對核糖體結合的mRNA片段進行測序,能夠精確記錄核糖體在翻譯過程中的位置。將轉錄組與Ribo-seq數據聯合分析,可以計算出蛋白質的合成速率。

    技術特點

    Ribo-seq能夠揭示蛋白合成的時間、地點、位置、哪些蛋白質正在被合成以及蛋白質合成的調控機制。Ribo-seq搭建了從轉錄組學到蛋白質組學之間的橋梁,已經廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中,用于揭示生長發育、形態建成、疾病發生、逆境脅迫響應的調控機制。

    應用方向

    Ribo-seq應用于研究轉錄本的翻譯活性、鑒定翻譯起始位點、ORF位置和蛋白質的翻譯調控機制。

    Ribo-seq技術已經廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中,用于揭示生長發育、形態建成、疾病發生、逆境脅迫響應的調控機制??傊?,Ribo-seq能從基因組水平檢測蛋白質的翻譯狀況,獲得正在翻譯的mRNA序列信息并解析翻譯調控機制。

    藍景科信優勢

    實驗周期快、質量高、結果穩定可靠。

    豐富的物種經驗。

    實驗流程

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    分析內容

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    分析流程

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    實驗案例

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    送樣要求

    (1)細胞樣本:建議送樣量5×106-1×107個。

    (2)動物組織樣本:建議送樣量≥300 mg。

    (3)植物組織樣本:建議送樣量≥500 mg。

    樣本分組

    至少2組樣品,包括對照組和實驗組,樣本數建議:3 Vs 3。

    參考文獻

    Brar GA, Weissman JS. Ribosome profiling reveals the what, when, where and how of protein synthesis. Nat Rev Mol Cell Biol. 2015. 16(11):651-664.

    Chong C, Coukos G, Bassani-Sternberg M. Identification of tumor antigens with immunopeptidomics. Nat Biotechnol. 2022. 40(2):175-188.

    Fremin BJ, Nicolaou C, Bhatt AS. Simultaneous ribosome profiling of hundreds of microbes from the human microbiome. Nat Protoc. 2021. 16(10):4676-4691.

    Ingolia NT, Brar GA, Rouskin S, McGeachy AM, Weissman JS. The ribosome profiling strategy for monitoring translation in vivo by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments. Nat Protoc. 2012. 7(8):1534-1550.

    Ingolia NT, Ghaemmaghami S, Newman JR, Weissman JS. Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling. Science. 2009. 324(5924):218-223.

    Juntawong P, Girke T, Bazin J, Bailey-Serres J. Translational dynamics revealed by genome-wide profiling of ribosome footprints in Arabidopsis. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014. 111(1):E203-212.

    Sawyer EB, Cortes T. Ribosome profiling enhances understanding of mycobacterial translation. Front Microbiol. 2022. 13:976550.

    Xiang Y, Huang W, Tan L, Chen T, He Y, Irving PS, Weeks KM, Zhang QC, Dong X. Pervasive downstream RNA hairpins dynamically dictate start-codon selection. Nature. 2023. 621(7978):423-430.

    Xu G, Greene GH, Yoo H, Liu L, Marqués J, Motley J, Dong X. Global translational reprogramming is a fundamental layer of immune regulation in plants. Nature. 2017. 545(7655):487-490.





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